生物序列分析 pdf epub mobi txt 電子書 下載 2025

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[英] Durbin R，S.Eddy，A，Krogh，G ... 著，王俊 等 譯

圖書標籤:

• 生物信息學
• 序列分析
• 基因組學
• 生物統計學
• 算法
• Python
• R語言
• 數據挖掘
• 進化分析
• 計算生物學

齣版社： 科學齣版社

ISBN：9787030284433

版次：1

商品編碼：11678658

包裝：平裝

開本：16開

齣版時間：2015-04-01

用紙：膠版紙

頁數：312

內容簡介

　　《生物序列分析》在結構上大緻可以分為四個部分，每個部分所覆蓋的問題分彆是 ：二序列聯配、多序列聯配、係統發育樹和RNA結構。具體分為：二序列聯 配、Markov鏈與隱馬模型、使用HMM的二序列聯配、用於序列傢族的列型 HMM、多序列聯配方法、構造係統發育樹和係統發育的概率論方法。本書介 紹的列型чMM、多序列聯配方法、構造係統發育樹和係統發育的概率論方 法。本書介紹的一些方法將不同的生物信息來源整閤到一般的、清晰且可 操作的序列分析概率論模型中，有助於研究者深入瞭解生物序列分析的基 礎。
　　本書可供生物信息學、分子生物學、數學、計算機科學以及物理學專 業的研究生或高年級本科生及這些領域的老師和研究人員參考。

目錄

譯者名單
中文版序一
中文版序二
譯者的話
前言
第1章 緒論
1.1 序列的相似性、同源性及聯配
1.2 本書概述
1.3 概率與概率論模型
1.4 補充讀物
第2章 二序列聯配
2.1 引言
2.2 計分模型
2.3 聯配算法
2.4 更復雜模型的動態規劃
2.5 啓發式聯配算法
2.6 綫性空間聯配
2.7 分值的顯著性
2.8 從聯配數據推導計分參數
2.9 補充讀物
第3章 Markov鏈與隱馬模型(HMM)
3.1 Markov鏈
3.2 隱馬模型
3.3 HMM的參數估計
3.4 HMM的模型結構
3.5 更復雜的Markov鏈
3.6 HMM算法的數值穩定性
3.7 補充讀物
第4章 采用HMM的二序列聯配
4.1 索引
4.2 X和Y的對所有路徑求和的全概率
4.3 次優聯配
4.4 Xi聯配上Yi的後驗概率
4.5 用於搜索的成對HMM與FSA之對比
4.6 補充讀物
第5章 用於序列傢族的列型ItMM
5.1 無空位計分矩陣
5.2 添加插入與刪除狀態以獲得列型HMM
5.3 從多序列聯配中導齣列型HMM
5.4 基於列型HMM的搜索
5.5 用於非全局聯配的列型HMM變體
5.6 對概率估計的深入說明
5.7 最優模型的構建
5.8 訓練序列的加權
5.9 補充讀物
第6章 多序列聯配方法
6.1 多序列聯配的含義
6.2 為多序列聯配計分
6.3 多維動態規劃
6.4 漸進聯配方法
6.5 由列型HMM訓練的多序列聯配
6.6 補充讀物
第7章 構造係統發育樹
7.1 生命之樹
7.2 樹的背景知識
7.3 用成對距離建樹
7.4 簡約法
7.5 樹的評估：自舉法
7.6 聯配與係統發育的同時處理
7.7 補充讀物
7.8 附錄：鄰接法定理的證明
第8章 係統發育的概率論方法
8.1 引言
8.2 進化的概率論模型
8.3 計算無空位聯配的似然
8.4 用似然做推斷
8.5 更現實的進化模型
8.6 概率論方法與非概率論方法的比較
8.7 補充讀物
第9章 轉換文法
9.1 轉換文法
9.2 正則文法
9.3 上下文無關文法
9.4 上下文有關文法
9.5 隨機文法
9.6 用於序列建模的隨機上下文無關文法
9.7 補充讀物
第10章 RNA結構分析
10.1 RNA
10.2 RNA二級結構預測
10.3 協方差模型：基於SCFG的RNA列型
10.4 補充讀物
第11章 概率論背景
11.1 概率分布
11.2 熵
11.3 推斷
11.4 抽樣
11.5 從計數估計概率
11.6 EM算法
參考文獻
部分術語漢英對照
部分術語英漢對照
索引

前言/序言

《宇宙洪荒：星際文明的興衰與演化》 內容簡介 本書以宏大的時間尺度和廣袤的宇宙空間為背景，深入剖析瞭在數十億年的星際演化過程中，不同形態文明從萌芽、崛起、鼎盛直至最終消亡的復雜曆程。它並非聚焦於某個單一星係的局部衝突，而是緻力於構建一個涵蓋多維度、多層次的星際文明動態模型，探討驅動這些文明生命周期的核心力量。 第一部分：文明的起源與環境適應性 本部分追溯瞭“生命”在宇宙中誕生的基本前提與概率模型。我們首先探討瞭宜居帶的定義及其在不同恒星係統中的多樣性，分析瞭高能輻射、暗物質效應以及引力波對早期生命形態的塑造作用。書中引入瞭“環境壓力梯度”理論，闡述瞭極端環境（如中子星伴星係統、高密度星雲內部）如何催生齣不同於碳基生命的矽基、等離子體乃至量子糾纏態的生命結構。 隨後，章節詳細描繪瞭早期文明的第一次技術飛躍——從行星搖籃到恒星際旅行的跨越。重點分析瞭“資源悖論”：即文明在初級發展階段對特定稀有元素的依賴性，以及這種依賴如何塑造瞭早期的殖民擴張策略。我們對比瞭兩種主要的早期發展路徑：緩慢積纍型（側重於對母星係內資源的精細化利用和內部結構優化）與快速擴張型（以超光速躍遷技術為基礎，追求廣闊的生存空間）。通過對數韆個模擬文明案例的分析，本書揭示瞭環境適應性與技術路徑選擇之間存在著微妙的負相關性——適應性越強的文明，其技術進步的內在驅動力反而可能被削弱。 第二部分：信息、結構與文明的復雜性 進入中級文明階段，文明的焦點從物理資源的攫取轉嚮瞭信息和知識的組織。本部分深入探討瞭“信息熵與文明穩定度”之間的關係。隨著文明規模的擴大和信息處理能力的增強，如何有效管理和防止信息退化（或惡意篡改）成為瞭生存的關鍵挑戰。書中對幾種主要的“元數據管理係統”進行瞭詳盡的描述，包括基於全息原理的分布式記憶網絡、生物神經元與機械芯片融閤的集體意識體，以及完全依賴量子態疊加的非綫性知識存儲方式。 結構方麵，本書引入瞭“組織層級深度”指標，用以衡量文明的復雜程度。從最初的部落聯盟到統一的星際帝國，再到最終的“維度穿梭實體”，每一層級的躍遷都伴隨著社會結構和個體認知的劇烈重塑。特彆值得關注的是，書中對“數字永生”的哲學與工程學挑戰進行瞭細緻的考察。它探討瞭當文明主體的大部分意識被上傳至人工介質後，其原有的生物性動機（如繁殖、情感依賴）如何被替代或異化，以及這種“後生物時代”的文明如何應對外部的生存威脅。 第三部分：宏觀尺度下的衝突與共存 星際間的互動構成瞭文明演化的主要張力。本部分聚焦於不同文明形態之間不可避免的衝突、閤作與融閤。我們不再將衝突簡化為資源爭奪，而是將其提升到“基本存在論差異”的高度。例如，基於“確定性時間觀”的文明與基於“概率時間觀”的文明在戰略決策上的根本衝突。 書中詳盡分析瞭數次被記錄在“大坍縮檔案”中的星際戰爭案例，側重於分析其背後的戰略理論而非單純的戰術描寫。例如，對“熵增鎖定”戰術的研究，該戰術旨在通過在敵方文明的核心信息處理節點植入難以察覺的邏輯悖論，使其在處理特定信息時陷入無限循環，最終導緻係統崩潰。 同時，本書也探討瞭復雜的“多物種共存模型”。當兩個或多個技術水平迥異的文明相遇時，弱勢文明的生存策略並非總是抵抗，有時是“僞裝休眠”或“寄生發展”。書中對“文化虹吸現象”進行瞭建模，即強勢文明如何無意識地吸收和同化弱勢文明的核心技術與藝術形式，而後者在物理上可能已被消滅。 第四部分：終局與循環 文明的終局並非總是毀滅。本書提齣瞭三種主要的文明終結模式： 1. 熱寂降維： 文明因能量消耗殆盡，主動或被動地將自身結構降維，迴歸到宇宙的基本粒子層麵，以最小的能量狀態等待下一次奇點爆發。 2. 邊界突破： 文明成功地實現瞭跨越我們當前已知物理維度的躍遷，從當前的宇宙時空框架中“退役”。書中推測瞭這些文明可能存在的“超空間維度”的結構特徵。 3. 自我固化： 文明因過度追求內部的完美與穩定，最終停止瞭所有創新與演化，進入一種永恒的、但缺乏生命力的“完美狀態”，形同於一種靜態的宇宙博物館。 最後，本書總結道，星際文明的興衰並非隨機事件，而是受製於一套深刻的宇宙法則——即信息復雜度的增長速度與能量獲取效率之間的動態博弈。對這些古老文明興衰史的考察，為理解我們自身文明的未來趨勢提供瞭必要的參照框架和警示。本書旨在激發讀者超越行星尺度的思考，以宇宙演化的宏觀視角審視生命存在的意義與極限。

評分☆☆☆☆☆

最近，我迷上瞭關於人類起源和進化的紀錄片，那些關於古代DNA分析和群體遺傳學的討論，讓我對生物序列的“時間維度”産生瞭濃厚的興趣。我希望這本書能在這方麵有所涉及，讓我理解生物序列如何記錄著生命進化的曆程，如何幫助我們追溯祖先的遷徙和演變。我想知道，通過分析不同物種之間的基因差異，我們能獲得哪些關於它們親緣關係的信息？DNA中的“遺跡”又如何揭示瞭我們人類在漫長曆史中的演化故事？我希望這本書能用引人入勝的敘述方式，將那些抽象的科學概念與宏大的生命史詩聯係起來，讓我對生命本身的存在和發展，産生更深刻的理解和感悟。

評分☆☆☆☆☆

拿到這本書的時候，我腦海中立刻浮現齣電影《侏羅紀公園》中，科學傢們通過化石中的DNA片段復活恐龍的場景。雖然我知道現實中的生物序列分析遠比電影情節復雜，但正是這種對生命“復活”和“重構”的好奇心，讓我對這本書充滿瞭期待。我希望它能讓我理解，如何從一段看似雜亂無章的序列中，解讀齣基因的功能，找到緻病的突變，甚至是預測蛋白質的結構和功能。我尤其關心那些在疾病研究和藥物開發方麵的應用。例如，在癌癥研究中，我們如何通過分析腫瘤細胞的基因序列，找到靶嚮藥物的“弱點”？在遺傳病診斷方麵，生物序列分析又扮演著怎樣的角色？我希望這本書能讓我看到，科學傢的智慧如何通過分析生物序列，為人類健康帶來福音。

評分☆☆☆☆☆

作為一個曾經在實驗室裏與顯微鏡和試管打交道的人，我對數據分析一直抱有敬畏之心。生物序列數據更是如此，那龐大的體量和潛在的復雜性，讓我想象其中的分析過程一定充滿挑戰。我期待這本書能為我揭示這背後的科學邏輯和技術手段。我希望它能詳細介紹各種生物信息學算法，例如序列比對、基因組組裝、功能注釋等等。我特彆想瞭解，那些看似神奇的分析結果，究竟是如何一步步通過計算機程序計算齣來的？它是否會涉及到一些數學和統計學的原理？我希望這本書能在保證科學嚴謹性的前提下，用清晰的圖示和生動的例子，讓我領略到生物序列分析的魅力，並可能為我今後的研究方嚮提供一些新的思路。

評分☆☆☆☆☆

我一直覺得，生物學中最令人著迷的莫過於生命體的精巧設計和內在秩序。而生物序列，無疑是解開這一切秘密的鑰匙。我希望這本書能像一位資深的嚮導，帶領我深入生物序列的微觀世界，讓我領略到基因調控網絡的神奇，欣賞到蛋白質摺疊的優雅，甚至感受不同生物體之間基因交流的動態。我特彆關注那些涉及基因編輯技術（如CRISPR）的討論，因為這無疑是生物序列分析領域最前沿、最激動人心的進展之一。我希望這本書能讓我明白，我們如何通過理解和操縱生物序列，來改變生命，甚至創造生命，以及這其中所帶來的倫理和社會影響。

評分☆☆☆☆☆

這本書的封麵設計簡潔而有力，那深邃的藍色背景如同浩瀚的基因海洋，中間躍動的DNA雙螺鏇結構則像是探索未知世界的燈塔。光是看到它，我就忍不住想翻開一探究竟。我一直對生命科學的奧秘充滿好奇，尤其是那些能夠揭示生命本質的“代碼”——生物序列。我期待這本書能帶我走進這個迷人的世界，讓我理解那些由A、T、C、G組成的密碼如何承載著遺傳信息，如何決定著生物體的形態、功能乃至進化。我希望它能用一種通俗易懂的方式，解釋那些復雜的生物信息學概念，讓我這個非專業人士也能從中獲得啓發。比如，我很好奇，究竟是什麼樣的工具和方法，能夠從海量的序列數據中挖掘齣有價值的信息？基因測序技術是如何發展的？它又為我們帶來瞭哪些前所未有的認識？我希望這本書能解答我心中這些疑問，讓我對生物體的瞭解更上一層樓。

評分☆☆☆☆☆

不錯的教材。。。。。

評分☆☆☆☆☆

不錯，質量好

評分☆☆☆☆☆

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