具體描述
商品參數
| RNA-seq 數據分析實用方法 | ||
| 曾用價 | 120.00 | |
| 齣版社 | 科學齣版社 | |
| 版次 | 1 | |
| 齣版時間 | 2018年03月 | |
| 開本 | 16 | |
| 作者 | ||
| 裝幀 | 平裝 | |
| 頁數 | 0 | |
| 字數 | 310000 | |
| ISBN編碼 | 9787030564863 | |
內容介紹
本書是目前見到的一本從實用的角度全麵介紹RNA-seq數據分析的書。這本書的特色在於它在理論與實踐之間取得瞭平衡，每一章以理論背景開始，然後是有關分析工具的描述，*後舉例說明它們的用法。這本書是RNA-seq數據分析的自包含的指南。
目錄
目錄
第1章 RNA-seq簡介 1
1.1 引言 1
1.2 RNA的分離 3
1.3 RNA的質量控製 3
1.4 文庫製備 4
1.5 主要的RNA-seq平颱 7
1.5.1 Illumina 7
1.5.2 SOLID 8
1.5.3 Roche 454 8
1.5.4 Ion Torrent 9
1.5.5 Pacific Biosciences 9
1.5.6 納米孔技術 10
1.6 RNA-seq的應用 11
1.6.1 蛋白質編碼基因結構 11
1.6.2 新型蛋白質編碼基因 12
1.6.3 基因錶達的量化和比較 13
1.6.4 錶達數量性狀基因座 14
1.6.5 單細胞RNA-seq 14
1.6.6 融閤基因 15
1.6.7 基因變異 15
1.6.8 長的非編碼RNA 16
1.6.9 非編碼小RNA 16
1.6.10 擴增産物測序（ampli-seq） 16
1.7 選擇RNA-seq平颱 17
1.7.1 選擇RNA-seq平颱和測序模式的8個原則 17
1.7.2 小結 20
參考文獻 20
第2章 RNA-seq數據分析導論 23
2.1 引言 23
2.2 差異錶達分析工作流程 25
2.2.1 第*步：讀段的質量控製 26
2.2.2 第二步：讀段的預處理 26
2.2.3 第三步：將讀段比對到參考基因組 26
2.2.4 第四步：基因組引導的轉錄組組裝 27
2.2.5 第五步：計算錶達水平 27
2.2.6 第六步：比較不同條件之間的基因錶達 27
2.2.7 第七步：在基因組的上下文中的數據可視化 27
2.3 下遊分析 28
2.3.1 基因注釋 28
2.3.2 基因集的富集分析 29
2.4 自動的工作流程和管綫 29
2.5 硬件要求 30
2.6 仿效書中的示例 30
2.6.1 使用命令行工具和R 31
2.6.2 使用Chipster軟件 31
2.6.3 示例數據集 32
2.7 小結 33
用戶評價
在我看來，一本好的數據分析書籍，不僅要教會“怎麼做”，更要講清楚“為什麼這麼做”。《RNA-seq 數據分析實用方法》這個標題，讓我對它寄予瞭厚望。我希望這本書能在提供具體操作步驟的同時，深入淺齣地解釋背後所依據的生物學原理和統計學基礎。例如，在進行差異錶達分析時，為什麼需要進行樣本標準化？不同的標準化方法（如TMM, RLE）的原理和適用性是什麼？在解釋差異錶達基因列錶時，除瞭通路富集分析，是否還有其他更具信息量的方法，比如GO term的細緻解讀，或者與其他數據庫的整閤分析？我對如何進行科學嚴謹的統計推斷，以及如何避免分析中的常見誤區特彆關注。此外，我希望書中能強調數據可視化在結果解讀中的重要性，並提供一些高質量、信息量豐富的圖錶繪製技巧，比如如何製作復雜的生存麯綫圖，或者如何整閤多種數據源繪製整閤性圖譜。我期待這本書能幫助我建立起紮實的理論基礎和批判性的分析思維，成為一個能夠獨立、有效地解讀RNA-seq數據的研究者。
評分作為一名生物信息學初學者，我常常覺得RNA-seq的分析流程像是一門深奧的學問，各種工具和算法層齣不窮，讓人眼花繚亂。所以，這本《RNA-seq 數據分析實用方法》的標題立刻吸引瞭我。我期待它能提供一個清晰、循序漸進的學習路徑，從最基礎的概念講起，直到能夠獨立完成一個完整的分析項目。例如，在數據質量控製方麵，是否會詳細講解如何評估數據的質量，識彆潛在的汙染或偏倚，並給齣相應的處理建議？在基因組比對環節，是否會介紹不同的比對算法的優缺點，以及如何選擇最適閤特定數據的算法？我特彆希望能看到關於如何進行準確的基因錶達量估算以及如何處理不同長度的RNA片段（如mRNA, lncRNA）的指導。此外，對於新手來說，理解各種統計檢驗方法的原理和適用性也非常重要，希望書中能在這方麵有所闡述。如果書中還能包含一些關於如何自動化分析流程的腳本編寫（例如使用Python或R），那將是錦上添花瞭。我希望這本書能夠降低RNA-seq分析的門檻，讓我能夠更快地掌握這項核心技能。
評分我最近一直在思考如何更有效地利用RNA-seq數據來探索生物體在特定條件下的基因錶達調控機製。這本書的書名《RNA-seq 數據分析實用方法》恰好切中瞭我目前的學習需求。我不僅想知道如何進行基本的差異錶達分析，更想瞭解如何在分析結果中挖掘齣更深層次的調控信息。書中是否會討論如何進行轉錄因子結閤位點預測，或者如何結閤ChIP-seq等其他組學數據來構建更全麵的調控網絡？我對於如何從RNA-seq數據中推斷齣潛在的轉錄調控因子以及它們的作用機製非常感興趣。另外，在處理一些復雜的生物學問題時，比如探索新的非編碼RNA的功能，或者分析RNA編輯事件對基因錶達的影響，這本書是否能提供相應的分析思路和工具推薦？我期望這本書能帶領我走齣基本的差異錶達分析的局限，嚮更前沿、更具探索性的RNA-seq數據分析方嚮邁進，為我的研究提供新的思路和方法。
評分我最近在尋找一本能夠深入講解RNA-seq數據解讀的書，這次瞄準瞭這本《RNA-seq 數據分析實用方法》。我的研究方嚮涉及到一些基因功能的探索，而RNA-seq是我們驗證和發現潛在功能基因的重要手段。我希望這本書能在差異錶達分析的基礎上，提供更具深度的解讀視角。例如，在鑒定齣差異錶達基因後，如何纔能更有效地進行功能富集分析，並且如何根據富集結果來設計後續的實驗驗證？書中是否會涉及一些關於網絡分析的介紹，比如如何構建基因調控網絡或者信號轉導通路？我對如何從海量的基因數據中挖掘齣具有生物學意義的信號特彆感興趣。另外，我也希望這本書能提供一些關於如何處理和分析不同類型RNA-seq實驗設計（如配對樣本、時間序列等）的指導。尤其是在麵對非典型的樣本設計時，如何選擇閤適的統計模型和分析方法，以及如何解讀其中的復雜性，是我非常關注的重點。這本書的“實用方法”定位，讓我相信它能提供一套行之有效的解決方案，幫助我更好地理解RNA-seq數據背後的生物學含義。
評分這本書的標題讓我産生瞭極大的興趣，尤其是“實用方法”這幾個字，這通常意味著書中會提供一套可以立即上手、解決實際問題的流程和技巧，而不是空泛的理論介紹。作為一名對RNA-seq技術充滿好奇的研究生，我深知掌握紮實的數據分析能力對於課題進展至關重要。我期望這本書能帶領我從原始的測序數據齣發，逐步完成數據預處理、比對、錶達量計算，直至差異錶達基因的鑒定和下遊的通路富集分析。我特彆關心書中對於不同分析工具的比較和選擇建議，例如在比對工具的選擇上，是否有針對不同測序平颱或基因組特點的推薦？在錶達量量化方麵，是否會詳細講解TPM、FPKM、RPKM等指標的差異及其適用場景？更重要的是，我希望書中能涵蓋一些進階的分析方法，比如單細胞RNA-seq的數據處理，或者多樣本比較時的統計學考量，以及如何有效地可視化和解釋復雜的分析結果。如果書中能包含實際操作的代碼示例，並且最好能附帶可供下載的示例數據，那將極大地提高我的學習效率。總而言之，我期待這本書能夠成為我RNA-seq數據分析之路上的得力助手，幫助我快速建立起係統性的分析思維和實踐能力。
評分太過基礎瞭，以為會有什麼深入分析的，結果沒有
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