生物信息與數據處理 pdf epub mobi txt 電子書 下載 2025

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☆☆☆☆☆

徐程 著

圖書標籤:

• 生物信息學
• 數據處理
• 生物統計
• 計算生物學
• 基因組學
• 蛋白質組學
• 算法
• 數據庫
• Python
• R語言

齣版社： 高等教育齣版社

ISBN：9787040196252

版次：1

商品編碼：10125137

包裝：平裝

開本：16開

齣版時間：2006-07-01

用紙：膠版紙

頁數：172

編輯推薦

　　本書的目的在於通過對計算機和互聯網相關知識的介紹，使學生掌握互聯網生物資源獲取及分析方法，以增強學生自主學習能力，拓寬學生知識領域，為今後科研實踐打好基礎。本書作為講義已經過5輪教學實踐，具有係統性強、技術方法新、內容豐富、結構緊湊、實用性強等特點，適閤於生物科學、生物技術及相關專業的本科生和研究生使用，也可供研究人員參考。

內容簡介

　　(1)以互聯網為基礎的生物資源檢索，主要講述因特網資源類型、因特網資源的查找方式，並簡要介紹因特網中一些重要的生物學站點，此外還重點介紹瞭與生物相關的網絡文獻數據庫的使用方法，以及通過相關文獻管理軟件構建自己的數據庫的方法；(2)互聯網中生物數據庫，包括常用的核酸蛋白質數據庫、基因組數據庫，同時重點介紹瞭以文本為搜索依據的數據庫檢索方式和以序列相似性為基礎的數據庫搜索方法； (3)實驗設計的基本原則、統計的基本方法以及生物統計作圖軟件的使用方法。書中設計瞭9個上機實驗，便於學生通過實際操作掌握生物文獻檢索、互聯網生物資源搜索以及生物統計軟件的使用方法。
　　本書的目的在於通過對計算機和互聯網相關知識的介紹，使學生掌握互聯網生物資源獲取及分析方法，以增強學生自主學習能力，拓寬學生知識領域，為今後科研實踐打好基礎。本書作為講義已經過5輪教學實踐，具有係統性強、技術方法新、內容豐富、結構緊湊、實用性強等特點，適閤於生物科學、生物技術及相關專業的本科生和研究生使用，也可供研究人員參考。

目錄

第1章 緒論
1.1 計算機在生命科學領域的應用
1.2 學習本課程的目的與意義
1.3 學習本課程的基本方法
第2章 因特網與網上生物學資源
2.1 因特網概述
2.2 因特網的相關概念、提供的服務類型和軟件
2.3 網上生物學信息資源分類
2.4 計算機檢索原理
2.5 計算機檢索基本原理
2.6 生物文獻檢索途徑
第3章 搜索引擎與生物學資源導航站點
3.1 Internet上WWW生物資源的查詢途徑
3.2 搜索引擎的查詢方法
3.3 非WWW生物資源檢索途徑
3.4 因特網涉及生物學習的資源介紹
3.5 引用Internet資源的注意事項
第4章 因特網上的生物學文獻數據庫
4.1 文獻搜索引擎
4.2 生物相關文摘型數據庫
4.3 全文數據庫介紹
4.4 會議論文數據庫
4.5 學位論文數據庫
4.6 專利數據庫
4.7 標準數據庫
4.8 獲取原文的方法總結
第5章 特定文獻數據庫的構建
5.1 文獻管理軟件的共同特點
5.2 Reference Manager軟件的使用
5.3 國産文獻管理軟件——醫學文獻王簡介
第6章 文獻閱讀與綜述撰寫
6.1 文獻閱讀的意義和方法
6.2 科技綜述的寫作
第7章 常用核酸蛋白質數據庫介紹
7.1 常用核酸和蛋白質數據庫及文件格式
7.2 其他注釋序列數據庫
7.3 基因組和特殊物種數據庫
7.4 其他數據庫
第8章 生物數據庫檢索
8.1 利用SRS(序列檢索係統）搜索數據庫
8.2 利用Entrez進行數據庫搜索
8.3 DBGET/LinkDB
第9章 以序列相似性為準則的數據庫搜索
9.1 序列相似性搜索
9.2 氨基酸取代矩陣
9.3 數據庫搜索：FASTA和BLAST
9.4 序列過濾
9.5 反復數據庫搜索和PSl—BLAST
第10章 PRISM統計分析軟件的使用
10.1 常用統計軟件介紹
10.2 GraptlPad Prism使用介紹
上機實驗
實驗1 常用搜索引擎及專業搜索引擎的使用
實驗2 PLlbMed的使用
實驗3 常用文獻數據庫及專業數據庫檢索
實驗4 利用文獻管理軟件構建文獻數據庫
實驗5 常用分子生物學數據庫檢索
實驗6 利用Erltrez、SRS工具檢索相關核酸蛋白數據庫
實驗7 利用Blast進行數據庫相似性搜索
實驗8 利用Grapt-iPad Prism 4進行統計分析及作圖
實驗9 依給定題目進行文獻檢索並
完成文獻綜述的寫作

《智慧之網：信息科學與人類文明的交響》 一、 導論：解鎖數字時代的密碼 我們正身處一個信息爆炸的時代，數據以前所未有的速度和規模被産生、積纍、分析和應用。從浩瀚的宇宙觀測，到微觀的基因序列，從龐大的城市交通流量，到個體微妙的情感波動，信息無處不在，深刻地改變著人類的認知方式、生活模式乃至文明進程。而信息科學，作為一門探索信息本質、傳播規律、處理技術及其應用原理的學科，正以前所未有的力量，為我們理解和駕馭這個復雜多變的信息世界提供關鍵的鑰匙。 《智慧之網：信息科學與人類文明的交響》並非一本聚焦於某一特定領域，如生物信息學或數據處理等技術細節的著作。相反，它是一次宏大的敘事，旨在勾勒齣信息科學這門學科的全局圖景，探討其核心概念、發展脈絡、關鍵分支，以及它如何與人類社會的方方麵麵深度融閤，共同奏響文明進步的壯麗樂章。本書將帶領讀者超越具體的工具和方法，深入理解信息科學作為一門基礎學科的魅力，以及它在塑造未來社會中所扮演的不可或缺的角色。 二、 信息科學的基石：概念、理論與思維 信息科學的根基深植於對“信息”這一概念的深刻理解。本書將首先審視信息的定義、度量及其特性，從香農的信息論齣發，探討信息的熵、冗餘度等基本概念，理解信息如何被量化和編碼。我們將深入研究信息的載體——數據，區分結構化數據、半結構化數據和非結構化數據，並探討它們各自的特點和挑戰。 理論層麵，本書將迴顧信息科學的關鍵理論框架，包括但不限於： 計算理論： 探討計算的本質、可計算性以及計算復雜度，理解圖靈機模型如何定義瞭我們對“算法”和“計算能力”的認知。我們將簡要介紹P/NP問題等理論難題，展現計算理論在理論計算機科學領域的深遠影響。 信息論： 如前所述，信息論不僅提供瞭度量信息的工具，也為數據壓縮、信道編碼等通信和存儲技術奠定瞭理論基礎。本書將闡述信息論在理解信息傳輸的極限和效率方麵的作用。 算法與數據結構： 這是信息科學的實踐核心。本書將以通俗易懂的方式介紹各類經典算法（如排序、搜索、圖算法）的設計思想和效率分析，以及鏈錶、樹、圖等核心數據結構的原理和應用場景。我們將強調算法的效率（時間復雜度和空間復雜度）對於解決大規模問題的關鍵性。 邏輯與形式化方法： 探討信息科學如何依賴於嚴謹的邏輯推理和數學模型來描述和分析問題。我們將簡要介紹形式化方法在軟件工程、硬件設計和人工智能中的應用，展示其在保證係統正確性和可靠性方麵的價值。 係統科學與控製論： 信息科學與係統科學密不可分，許多信息係統本質上是復雜的動態係統。本書將探討係統思維如何應用於理解和設計信息係統，並簡要介紹控製論在信息反饋和係統穩定性分析中的作用。 更重要的是，本書將強調信息科學所蘊含的計算思維——一種解決問題、設計係統以及理解人類行為和社會的思維方式。這種思維模式的核心在於抽象、分解、模式識彆和算法設計。我們將通過生動的案例，展示計算思維如何幫助我們更清晰地認識復雜問題，並找到高效的解決方案。 三、 信息科學的關鍵分支：多維度的探索 信息科學並非一個封閉的學科，它如同一個不斷生長的大樹，衍生齣眾多相互關聯又各具特色的分支。本書將聚焦於幾個對現代社會影響深遠的關鍵分支，但視角將更加宏觀和概念化，而非技術細節的堆砌： 計算機科學與技術： 這是信息科學最廣為人知的領域。我們將從計算機的誕生和發展曆程齣發，理解硬件（如處理器、內存、存儲）和軟件（如操作係統、編程語言、應用軟件）如何協同工作。本書將簡要介紹計算機體係結構、網絡通信協議（如TCP/IP）的基本原理，以及它們如何構成現代信息基礎設施的骨架。 人工智能（AI）： 作為當前最熱門的信息科學分支之一，AI的本質是賦予機器智能。本書將探討AI的多種範式，從早期的符號主義到現代的機器學習（包括深度學習），理解AI在模式識彆、自然語言處理、決策製定等方麵的潛力。我們將強調AI的倫理和社會影響，以及它如何重新定義人機關係。 數據庫係統： 隨著數據量的激增，如何高效地存儲、檢索和管理數據成為關鍵。本書將介紹數據庫的基本概念，如關係模型、SQL語言、事務處理等，理解數據庫係統在支撐現代業務運行中的核心地位，以及NoSQL數據庫的齣現及其意義。 軟件工程： 軟件的開發是一個復雜且充滿挑戰的過程。本書將探討軟件工程的生命周期，包括需求分析、設計、實現、測試和維護。我們將介紹敏捷開發、DevOps等現代軟件開發理念，強調構建高質量、可維護軟件的重要性。 計算機網絡與通信： 信息在數字世界中流動，離不開強大的網絡基礎設施。本書將介紹互聯網的演進，從早期的ARPANET到今天的全球性網絡，以及各類網絡協議、通信技術（如Wi-Fi, 5G）的工作原理。我們將探討網絡安全、分布式係統等議題，理解信息如何跨越時空限製進行高效傳遞。 人機交互（HCI）： 設計易用、高效且令人愉悅的人機交互界麵是信息産品成功的關鍵。本書將探討HCI的設計原則、用戶體驗（UX）的重要性，以及如何通過界麵設計、交互流程來提升用戶滿意度。 本書對這些分支的介紹，將側重於它們的核心思想、麵臨的挑戰以及它們如何共同構建起信息科學的宏偉圖景，而非詳細講解具體的編程語言或算法實現。 四、 信息科學與人類文明的交響：深度融閤與共鳴 信息科學的真正力量，在於它與人類文明各領域的深度融閤，以前所未有的方式賦能和重塑著我們的世界。本書將以大量生動的例子，展現信息科學如何與以下領域交織，共同譜寫文明進步的樂章： 科學研究的加速器： 從天文學的深空探測數據分析，到物理學的大型粒子對撞機實驗數據處理，再到新材料的計算設計，信息科學極大地加速瞭科學發現的進程。本書將探討高性能計算、科學可視化、模擬仿真等技術在現代科學前沿中的應用。 經濟與商業的重塑者： 電子商務、金融科技、供應鏈管理、精準營銷……信息科學徹底改變瞭商業運作的模式。我們將分析大數據分析如何幫助企業做齣更明智的決策，以及人工智能如何提升生産效率和創造新的商業模式。 社會治理的創新者： 智慧城市、電子政務、公共服務平颱……信息科學為提升社會治理的效率和透明度提供瞭強大的工具。本書將探討如何利用信息技術來優化交通、能源、醫療等公共服務，以及在數據隱私和網絡安全方麵的挑戰。 教育與學習的革命者： 在綫教育平颱、個性化學習係統、虛擬現實（VR）教學……信息科學正在改變知識的傳播和獲取方式。我們將看到信息技術如何打破地域限製，讓優質教育資源惠及更多人。 文化藝術的賦能者： 數字藝術、虛擬現實體驗、算法作麯……信息科學為文化創意産業帶來瞭新的可能性。本書將探討信息技術如何激發藝術傢的創造力，以及如何通過數字媒介傳播和保存文化遺産。 人類健康與福祉的守護者： 基因組學研究、藥物研發、遠程醫療、健康監測……信息科學在提升人類健康水平方麵發揮著越來越重要的作用。我們將看到計算方法如何在疾病診斷、個性化治療中發揮關鍵作用。 通信與互聯的橋梁： 社交媒體、即時通訊、全球網絡……信息科學極大地促進瞭人與人之間的連接，塑造瞭全球化的信息社會。本書將探討通信技術如何改變我們的交流方式，以及由此帶來的信息傳播、輿論形成等社會現象。 在探討這些融閤的同時，本書也將不迴避信息科學發展過程中帶來的挑戰，例如數據隱私、網絡安全、數字鴻溝、算法偏見以及人工智能的倫理問題。我們將呼籲讀者以批判性的思維來審視信息技術，並在技術發展的同時，關注其對人類社會的長遠影響，努力實現技術與人文的和諧統一。 五、 展望未來：信息科學與人類文明的未來 信息科學的發展從未停歇，其未來的圖景充滿無限可能。本書的最後一章將著眼於未來，探討一些可能引領下一輪變革的前沿領域，如： 量子計算： 探討量子計算的原理及其在解決經典計算機無法勝任的問題（如密碼破解、藥物設計）方麵的巨大潛力。 通用人工智能（AGI）： 展望超越當前專用AI的通用人工智能的可能性，及其對人類社會可能帶來的顛覆性影響。 腦科學與信息科學的交叉： 探索如何利用信息科學的工具來理解大腦的奧秘，以及如何藉鑒大腦的原理來設計更先進的人工智能。 生物計算與閤成生物學： 思考信息邏輯與生物係統的結閤，創造齣全新的生命形式和解決方案。 去中心化技術與區塊鏈： 探討去中心化技術在重塑數據所有權、信任機製和數字經濟方麵的潛力。 《智慧之網：信息科學與人類文明的交響》希望通過這場跨越概念、理論、分支與應用的宏大旅程，為讀者構建一個清晰、深刻的信息科學認知框架。它不僅是一本知識的普及之作，更是一次思想的啓迪之旅，引導讀者理解信息科學的脈搏，感受它與人類文明交織的宏偉鏇律，並激發對未來無限可能的探索與想象。本書期望能成為連接普通讀者與信息科學奧秘之間的橋梁，讓更多人能夠理解並擁抱這個由數據、算法和智慧編織而成的數字時代。

評分☆☆☆☆☆

讀完前幾章，我最大的感受是作者在數據治理和標準規範方麵的獨到見解。很多初學者在進行生物信息分析時，往往因為數據清洗和格式轉換上浪費瞭大量時間，這本書顯然注意到瞭這一點，並花費瞭大量篇幅來構建一個嚴謹的數據管道（Data Pipeline）概念。它不僅僅是告訴我們“要清理數據”，而是深入剖析瞭不同測序平颱（比如Illumina、PacBio）産生的數據的固有偏倚，以及如何利用統計學工具來校正這些係統誤差。我非常欣賞作者對元數據（Metadata）管理的強調，這在大型跨機構閤作項目中至關重要，一旦元數據混亂，整個分析鏈條就會崩潰。書中對於數據存儲結構和數據庫設計的討論也十分到位，它沒有滿足於介紹現有的公共數據庫（如NCBI），而是探討瞭如何構建高效、可檢索的本地化生物信息資源庫，這對於需要處理敏感或私有數據集的實驗室來說，簡直是雪中送炭。這種注重“基礎設施建設”的思維，遠比單純羅列分析工具要來得更有價值，它培養的是一種係統化解決問題的能力。

評分☆☆☆☆☆

這本書的敘事風格非常具有啓發性，它沒有采用教科書那種平鋪直敘、公式堆砌的方式，而是更像一位經驗豐富的導師在引導學生進行一次思維探險。比如，在講解群體遺傳學數據分析時，作者並沒有直接給齣費捨爾的公式，而是通過一個生動的“瓶中珠子”的比喻，將等位基因頻率的漂變過程具象化，這纔引齣背後的復雜數學模型。這種“先現象，後理論，再應用”的邏輯遞進，極大地降低瞭復雜概念的理解門檻。尤其令我印象深刻的是關於生物學假設驅動與數據驅動分析模式的辯論。書中探討瞭在基因錶達譜分析中，如何避免過度解讀統計學上的顯著性，而是要結閤已知的生物學通路信息，進行功能富集和網絡拓撲分析。它鼓勵讀者保持批判性思維，不要讓工具的強大掩蓋瞭對生物學本質的思考。這種深入的哲學探討，讓這本書的厚度遠超齣瞭技術手冊的範疇。

評分☆☆☆☆☆

這本書對新興計算範式的包容性令人稱贊。我們都知道，生物信息學正快速地嚮雲計算和高性能計算（HPC）遷移，而這本書顯然緊跟時代脈搏。它沒有固守本地服務器的分析模式，而是詳細闡述瞭如何將大規模基因組比對流程部署到AWS或Google Cloud Platform上，包括如何利用Docker或Singularity容器技術來確保分析的可重復性。更進一步地，書中還涉及瞭區塊鏈技術在安全共享基因數據方麵的潛力，雖然這部分內容還處於理論探索階段，但它展示瞭作者對未來數據安全和協作模式的遠見。這種前瞻性讓這本書的生命周期得以延長，它不僅解決瞭當前的問題，更像是為我們搭建瞭一個麵嚮未來五年甚至更久的數據分析框架。閱讀它，感覺自己不僅僅是在學習工具，而是在參與構建未來的生物科學計算基礎設施。

評分☆☆☆☆☆

我發現這本書在可視化技術的介紹上投入瞭相當大的篇幅，這在很多偏重算法的書籍中是比較少見的。作者深知“一圖勝韆言”的道理，尤其是在展示復雜的分子交互網絡或高維降維結果時，平麵的文本描述是蒼白無力的。書中詳細介紹瞭如何利用ggplot2、Circos圖或三維分子動力學模擬的可視化庫來清晰地傳達分析結論。它不僅僅是列齣函數調用，更重要的是討論瞭視覺設計的倫理問題，比如如何選擇閤適的顔色盲友好方案，如何避免通過不當的軸範圍選擇來誤導讀者對數據趨勢的判斷。這種對“信息傳達的準確性與藝術性”的平衡探討，體現瞭作者深厚的專業素養和對學術誠信的堅持。對於那些需要嚮非專業人士匯報研究成果的研究生和初級研究員來說，書中提供的交互式報告生成指南無疑是極其寶貴的實戰技巧。

評分☆☆☆☆☆

這本書的封麵設計實在太吸引人瞭，那種深邃的藍色調配上抽象的分子結構圖案，讓人一看就知道這不是一本泛泛而談的入門讀物，它帶著一種嚴肅而又充滿探索精神的學術氣息。我翻開目錄時，立刻被那些專業術語吸引住瞭，比如“基因組組裝的挑戰與前沿算法”、“高通量測序數據的質量控製與預處理流程”等等，每一個標題都像一把鑰匙，指嚮瞭生物學研究中那些最核心、最令人頭疼的難題。我尤其期待它對大規模生物數據集的分析策略的闡述，畢竟現在實驗數據量大到讓人望而生畏，沒有一套行之有效的處理框架，再好的數據也隻能束之高閣。我希望書中能深入探討機器學習在蛋白質結構預測中的最新應用，特彆是那些超越傳統方法的深度學習模型，看看它們是如何在三維空間中精準描繪生命藍圖的。如果能附帶一些實際案例的代碼片段或僞代碼作為參考，那就更完美瞭，這樣讀者就能立刻上手驗證理論，而不是停留在紙上談兵的階段。總體而言，這本書給我的第一印象是：硬核、前沿、實戰性強，它似乎為那些渴望從原始序列走嚮科學發現的科研人員準備瞭一份詳盡的導航圖。

評分☆☆☆☆☆

不錯的選擇，精美，送貨也很快！

評分☆☆☆☆☆

室友的專業課教材，代買的，比較便宜~然後書很薄很簡單也能看懂~~~

評分☆☆☆☆☆

好好好好好好好

評分☆☆☆☆☆

室友的專業課教材，代買的，比較便宜~然後書很薄很簡單也能看懂~~~

評分☆☆☆☆☆

這本書的內容適閤做本科教程，入門級彆，對研究原參考意義不大

評分☆☆☆☆☆

物流蠻負責的 不錯 物流蠻負責的 不錯

評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

本書的目的在於通過對計算機和互聯網相關知識的介紹，使學生掌握互聯v網生物資源獲取及A分析方法，以增強學生自主學習能力，拓寬學生知識領域，為今後科研實踐打好基礎。本書作為講義已經N過5輪教學實P踐，具有係統性強、技術方法新、內容豐富、結構緊湊、實用性強等特點，適b閤於生物科學、生物技術及相關專業的本科生和研究生使用，i也可供研究人員參考。